Изучение различных физико-химических характеристик неканонического комплекса эукариотического фактора элонгации eEF-lA с деацилированной тРНК

Abstract

Эукариотический фактор элонгации 1A (eEF-1A) играет важную роль в трансляции, катализируя GTP-зависимое связывание аминоацил-тРНК (аа-тРНК) с акцепторным (А) сайтом рибосомы. Классическая схема биосинтеза белка предусматривает существование комплекса eEF-1A в GTP-связанной форме с аа-тРНК. Однако несколькими независимыми методами было показано формирование в условиях in vitro необычного тройного комплекса [eEF-1A·GDP-тРНК]. Выдвину­то предположение о роли неканонического комплекса в цикле каналирования (channeling) тРНК в ходе элонгации трансляции у высших эукариот Задачей представленного исследования было определение константы диссоциации [eEF-1A·GDP-mPHK] комплекса методом стационарной флюоресцентной поляризации, а также радиуса инерции комплекса [eEF-1A·GDPmPHK] мето­дом малоуглового нейтронного рассеяния (small angle neutron scattering – SANS).

Вперше за допомогою методу стаціонарної флюоресцентної поляризації визначено константу дисоціації [eEF-1A·GDP] з вільною тРНК. Отримане значення – 20 нМ, дозволяє припу­стити фізіологічну важливість досліджуваного неканонічного комплексу. При використанні методу малокутового нейтронного розсіювання вивчали форму [eEF-1A·GDP] комплексу. При порівнянні отриманого радіуса інерції для еукаріотичного фактора елонгації з аналогічним параметром для EF-1A було зроблено висновок щодо існування розгорнутої просторової структури eEF-1A, яка набуває глобулярності при взаємодії з деацильованою тРНК.

For the first time the KA of [eEF-1A·GDP] with free tRNA was determined by steady state fluorescence polarization. The obtained value – 20 nM is allowed to suppose a physiological significance of the complex investigated. For the first time the solution conformation of rabbit liver [eEF-1A·GDP] and its complex with tRNA has been studied by small-angle neutron scattering (SANS). The shape of the [eEF-1A·GDP] molecule in solution is demonstrated to be rather relaxed and to undergo rather substantial changes upon formation of the complex with tRNA. The complex has a more compact structure than free [eEF-1A · GDP].