Конформация операторного участка OR3 фага λ и его фрагмента в водных и водно-трифторэтанольных растворах

Abstract

Круговой метод дихроизма (КД) был использован для изучения конформации синтетических дезокси-олигонуклеотидов из 17 пар оснований, который является оператором OR3 фагаλ, и его 9-членного фрагмента 5 'TATCCCTT | GCGGTGATA | 3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT | Определены областей устойчивости двухцепочечной состояния для этих дуплексов. Конформации коротких фрагментов ДНК в водных растворах различных концентраций NaCl Показано существование в пределах B-формы. Кооперативного изменения в спектрах КД наблюдается в трифторэтанол (ТФЭ) решения с TFE концентрации типичных для каждого олигонуклеотида, который, как предполагается, связано с B-A перехода. B-формы стабилизации пары контактной базы оценивается с помощью B-A теории перехода. Каждая пара контактной базы стабилизирует форму B на величину ~ 1,7 ккал / моль.

Круговий дихроїзм (КД) використано для вивчення конформації синтетичного дезоксиолігонуклеотиду із 17 пар основ, який є оператором OR3 фага λ, і його 9-членного фрагмента 5 'TATCCCTT | GCGGTGATA | 3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT | Визначено області стійкості дволанцюгового стану для цих дуплексів. Конформації коротких фрагментів ДНК у водних розчинах визначаються різними концентраціями NaCl. Показано існування їх у межах B-форми. Кооперативні зміни у спектрах КД спостерігаються в трифторетанолі (TFE) рішення з TFE концентрації типових для кожного і яке, як передбачається, пов’язане з B?A-переходом. B-форми стабілізації пари контактної бази оцінюються за допомогою теорії B?A-переходу. Кожна пара контактної бази стабілізує форму B на величину ~ 1,7 ккал/моль.

Circular dichroism method (CD) was used to study conformation of the synthetic deoxy-oligonucleotide of 17 base pairs long, which is an OR3 operator of phage λ, and its 9-base pairs fragment 5' TATCCCTT |GCGGTGATA| 3' ATAGGGAA |CGCCACTAT| The stability regions of the double-stranded state are determined for these duplexes. Conformations of the short DNA fragments in aqueous solutions of different NaCl concentrations are shown to exist within the limits of B-family. A cooperative change in the CD spectra is observed in trifluoroethanol (TFE) solutions with TFE concentration typical of each oligonucleotide, which is supposed to be due to B-A transition. The B-form stabilization by terminal base pairs is evaluated using the B-A transition theory. Each terminal base pair stabilizes the B form by the value of ~1.7 kcal/mol.