Біополімери і клітина, 2008, № 2http://dspace.nbuv.gov.ua:80/xmlui/handle/123456789/1511882024-03-29T05:49:12Z2024-03-29T05:49:12ZDephosphorylation of tuberous sclerosis complex 2 by serine/threonine protein phosphatase 5Malanchuk, O.M.Palchevskyy, S.S.Filonenko, V.V.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/xmlui/handle/123456789/1576792019-06-20T22:27:03Z2008-01-01T00:00:00ZDephosphorylation of tuberous sclerosis complex 2 by serine/threonine protein phosphatase 5
Malanchuk, O.M.; Palchevskyy, S.S.; Filonenko, V.V.
We report here for the first time specific interaction between tuberous sclerosis complex 2 (TSC2) and protein phosphatase 5 (PP5) in mammalian cells. We found that the interaction is stronger in exponentially growing and serum stimulated cells when compared to serum starved cells. In addition, we provide the evidence that PP5 dephosphorylates specifically TSC2 at sites, associated with its activation via AMP kinase (AMPK) pathway. Taken together, these results suggest that PP5 exerts negative regulation on TSC1/2 function through dephosphorylation of AMPK-mediated sites.; Вперше показано, що туберозно-склерозний комплекс 2 (TSC2) специфічно взаємодіє з протеїнфосфатазою 5 (PP5) у клітинах ссавців. Така взаємодія є характерною для клітин, що перебувають у фазі експоненційного росту, а також у стимульованих сироваткою клітинах. Встановлено, що PP5 дефосфорилює TSC2 по сайтах, специфічних для AMP кінази (AMPK) і відповідно може відігравати негативну роль у регуляції активності TSC1/2 комплексу.; Впервые показано, что туберозно-склерозный комплекс 2 (TSC2) специфически взаимодействует с протеинфосфатазой 5 (PP5) в клетках млекопитающих. Данное взаимодействие является характерным для клеток, находящихся в фазе экспоненциального роста, а также в стимулированных сывороткой клетках. Установлено, что PP5 дефосфорилирует TSC2 по сайтам, специфичным для AMP киназы (AMPK) и соответственно может играть негативную роль в регуляции активности TSC1/2 комплекса.
2008-01-01T00:00:00ZСинтез флуоресцентно міченого кон’югата олігонуклеотиду з транспортним пептидом на модифікованому носії «Силохром-2»Дубей, І.Я.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/xmlui/handle/123456789/1576782019-06-20T22:26:27Z2008-01-01T00:00:00ZСинтез флуоресцентно міченого кон’югата олігонуклеотиду з транспортним пептидом на модифікованому носії «Силохром-2»
Дубей, І.Я.
Описано синтез потрійного кон’югатa олігонуклеотидy з транспортним пептидом та флуорофором. Твердофазним методом на флуоресцеїн-модифікованому полімерному носії «Силохром-2» отримано мічений 5'-аміноалкіл-3'-флуоресцеїном 18-членний олігонуклеотид, комплементарний ділянці гена β-галактозидази Escherichia coli. Внаслідок його обробки йодоцтовим ангідридом одержано 5'-йодацетамідну похідну, яка, в свою чергу, специфічно реагувала з 10-членним цистеїн-вмісним пептидом – фрагментом транспортного домену великого Т-антигену вірусу SV40 – з утворенням цільового гібриду з високим виходом.; Описано синтез потрійного кон’югатa олігонуклеотидy з транспортним пептидом та флуорофором. Твердофазним методом на флуоресцеїн-модифікованому полімерному носії «Силохром-2» отримано мічений 5'-аміноалкіл-3'-флуоресцеїном 18-членний олігонуклеотид, комплементарний ділянці гена β-галактозидази Escherichia coli. Внаслідок його обробки йодоцтовим ангідридом одержано 5'-йодацетамідну похідну, яка, в свою чергу, специфічно реагувала з 10-членним цистеїн-вмісним пептидом – фрагментом транспортного домену великого Т-антигену вірусу SV40 – з утворенням цільового гібриду з високим виходом.; Описан синтез тройного конъюгата олигонуклеотида с транспортным пептидом и флуорофором. Твердофазным методом на флуоресцеин-модифицированном полимерном носителе «Силохром-2» получен меченный 5'-аминоалкил-3'-флуоресцеином 18-звенный олигонуклеотид, комплементарный участку гена β-галактозидазы Escherichia coli. Его обработка йодуксусным ангидридом привела к образованию 5'-йодацетамидного производного, которое, в свою очередь, специфически реагировало с 10-звенным цистеин-содержащим пептидом – фрагментом транспортного домена большого Т-антигена вируса SV40 – с образованием целевого гибрида с высоким выходом.
2008-01-01T00:00:00ZВлияние ионов Ni²⁺ на конформационное равновесие полинуклеотидов полиA·полиU, полиА и полиU в условиях, близких к физиологическимСорокин, В.А.Валеев, В.А.Усенко, Е.Л.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/xmlui/handle/123456789/1576772019-06-20T22:25:46Z2008-01-01T00:00:00ZВлияние ионов Ni²⁺ на конформационное равновесие полинуклеотидов полиA·полиU, полиА и полиU в условиях, близких к физиологическим
Сорокин, В.А.; Валеев, В.А.; Усенко, Е.Л.
Методами дифференциальной УФ спектроскопии и термической денатурации в водных растворах, содержащих 0,1 М Na+, изучено взаимодействие ионов Ni²⁺ с однонитчатыми полиА и полиU, а также с двухнитчатым полинуклеотидом полиАполиU (АU). В области больших концентраций никеля обнаружено образование внутрисферных координационных связей его ионов с атомами N7 и N1 аденина полиА. На фазовой диаграмме комплекса АU + Ni²⁺ наблюдаются участки, соответствующие переходам 2 → 1, 2 → 3 и 3 → 1. В отличие от ионов Mg²⁺, понижающих температуру перехода (Tm)2→3, ионы Ni²⁺ ее повышают. Предполагается, что доминирующим вкладом в повышение (Tm)2→3 в этих условиях является различие между константами связывания ионов Ni²⁺ с АU и полиА и/или уменьшение числа связывающих ионы центров на А2U.; Ni²⁺ ion interactions with single-stranded polyA and polyU and double-stranded polynucleotide polyA·polyU (AU) were studied in aqueous solutions containing 0.1 M Na+ using the methods of differential UV-spectroscopy and thermal denaturation. The formation of innerspheric coordination bonds of nickel ions with N7 and N1 of polyA adenine was revealed in the range of high nickel concentrations. The sections, corresponding to 2→1, 2→3, and 3→1 transitions, were observed in the phase diagram of (AU + Ni²⁺) complex. Unlike Mg²⁺ ions decreasing (Tm)2→3, Ni²⁺ ions increase it. It is supposed that under these conditions the difference between binding constants of Ni²⁺ ions with AU and polyA and/or the decrease in the number of ion-binding centers at A2U contribute to the increase of (Tm)2→3.; етодами дифференциальной УФ спектроскопии и термической денатурации в водных растворах, содержащих 0,1 М Na+, изучено взаимодействие ионов Ni²⁺ с однонитчатыми полиА и полиU, а также с двухнитчатым полинуклеотидом полиАполиU (АU). В области больших концентраций никеля обнаружено образование внутрисферных координационных связей его ионов с атомами N7 и N1 аденина полиА. На фазовой диаграмме комплекса АU + Ni²⁺ наблюдаются участки, соответствующие переходам 2 → 1, 2 → 3 и 3 → 1. В отличие от ионов Mg²⁺, понижающих температуру перехода (Tm)2→3, ионы Ni²⁺ ее повышают. Предполагается, что доминирующим вкладом в повышение (Tm)2→3 в этих условиях является различие между константами связывания ионов Ni²⁺ с АU и полиА и/или уменьшение числа связывающих ионы центров на А2U.
2008-01-01T00:00:00ZКонформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густиниЖураківський, Р.О.Говорун, Д.М.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/xmlui/handle/123456789/1576752019-06-20T22:27:01Z2008-01-01T00:00:00ZКонформаційні можливості уридину: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини
Жураківський, Р.О.; Говорун, Д.М.
Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз уридину. Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики усіх його 111 стійких конформерів. Отримано конформаційні рівноваги у діапазоні температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N = 85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механічного аналізу топології електронної густини (теорія атомів у молекулах Бейдера) в усіх можливих конформерах зафіксовано 17 типів внутрішньомолекулярних водневих зв’язків, від одного до п’яти на конформер (їхня загальна кількість – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 та O5'H...O3'. Представлено їхні конформаційні властивості, геометричні та електронно-топологічні характеристики.; Complete conformational analysis of uridine is performed by density functional theory at MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) level. Main geometric, energetic, and polar characteristics of all 111 conformers were presented, along with conformational equilibria in temperature range of 298.15–420 K. At T = 298.15 K these are syn:anti = 10.6:89.4 %; S:N = 85.5:14.5 %, and at T = 420 K syn:anti = 16.6:83.4 %; S:N = 68.6:31.4 %. By quantum mechanical method (Bader’s atoms in molecules theory) as many as 17 types of intramolecular hydrogen bonds were established (total number is 313) in all possible conformers of uridine, namely, C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1…HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2, and O5'H...O3'. Their conformational properties, geometric and electron topology characteristics were described.; Квантово-механическим методом функционала плотности на уровне теории MP2/6-311++G(d, p)//DFT B3LYP/6-31G(d, p) проведен полный конформационный анализ уридина. Представлены основные геометрические, энергетические и полярные характеристики всех его 111 устойчивых конформеров. Получены конформационные равновесия в диапазоне температур 298,15–420 К: при 298,15 К syn:anti = 10,6:89,4 %, S:N=85,5:14,5 %; при Т = 420 К syn:anti = 16,6:83,4 %, S:N = 68,6:31,4 %. Методом квантово-механического анализа топологии электронной плотности (теория атомов в молекулах Бейдера) во всех возможных конформерах зафиксированы 17 типов внутримолекулярных водородных связей, от одного до пяти на конформер (их общее число – 313): C1'H...O2, C2'H2...O5', C2'H2...O2, C3'H...O2, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C6H...O4', C6H...O5', C3'H…HC6, C5'H1...HC6, C5'H2…HC6, O2'H...O2, O2'H...O3', O3'H...O2', O3'H...O5', O5'H...O2 и O5'H...O3'. Представлены их конформационные свойства, геометрические и электронно-топологические характеристики.
2008-01-01T00:00:00Z