Український біохімічний журнал, 2010, № 2
http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/18984
2024-03-29T06:39:21ZАвидность IgG антител и ее теоретическая оценка
http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/19048
Авидность IgG антител и ее теоретическая оценка
Бобровник, С.А.
Предложен новый способ оценки авидности двухвалентных антител при их взаимодействии с двухвалентным антигеном. Теория основана на идее, высказанной нами ранее, относительно взаимосвязи между константами аффинности для бимолекулярной и мономолекулярной реакции для одних и тех же реагентов в зависимости от того связаны они или не связаны гибким линкером. Использование предложенной нами теории позволяет рассчитать авидность взаимодействия двухвалентных антител, если известна аффинность антител и их молекулярная структура. Полученные нами теоретические результаты полностью совпадают с экспериментальными оценками авидности, известными из литературы.; Запропоновано новий метод оцінки aвіднoстi двовалентних антитіл у разі їхньої взаємодії з двовалентним антигеном. Теорія базується на ідеї, що була висловлена нами раніше, відносно взаємозв’язку між константами афінності бімолекулярної та мономолекулярної реакції для одних і тих самих реагентів в залежності від того, зв’язані вони чи ні гнучким лінкером. Використання запропонованої нами теорії дозволяє розрахувати авідність взаємодії двовалентних антитіл з двовалентним антигеном, якщо відома афінність антитіл і їхня молекулярна структура. Одержані нами теоретичні результати повністю збігаються з експериментальними оцінками авiдностi, відомими з літератури.; A new method, which allows evaluation of the avidity of bivalent antibodies when they react with bivalent antigen, is suggested. The theory is based on the idea that was proposed by us earlier. That theory considered the relation between affinity constants for bi-molecular and mono-molecular reactions of the reagents, which either are connected or not connected by a flexible linker. Using the suggested theory it makes possible to calculate antibody avidity if the affinity and molecular structure of the antibody are known. The obtained by us theoretical results completely coincide with the experimental values of antibody avidity that are known from literature.
2010-01-01T00:00:00ZApoptosis and content of mobile lipid domains in human leukemia K-562 cells induced to differentiate by quercetin or dimethyl sulfoxide
http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/19047
Apoptosis and content of mobile lipid domains in human leukemia K-562 cells induced to differentiate by quercetin or dimethyl sulfoxide
Philchenkov, A.A.; Zavelevich, M.P.; Mikhailenko, V.M.; Kuyava, L.M.
The apoptotic index, cell cycle progression and caspase-3 activation in K-562 cells induced to differentiate by DMSO or quercetin have been studied. Quercetin treatment of K-562 cells was accompanied by cell cycle arrest in G2 /M and apoptosis with caspase-3 activation. In contrast, DMSO-induced differentiation was accompanied by the complete cell cycle arrest in G1 /G0 with negligible caspase-3 activation. In spite of the appearance of benzidine-positive cells and the decreased CD71 level in K-562 cells after exposure to quercetin, the analysis of 1H NMR spectra revealed the overall balance in favor of apoptosis, namely the increase in the content of NMR-visible mobile lipid domains and the decreased intensity of choline-containing metabolites.; Визначали апоптотичний індекс, проходження клітинного циклу та активацію каспази-3 в клітинах K-562 в разі диференціювання, індукованого кверцетином або диметилсульфоксидом (ДМСО). Обробка клітин кверцетином супроводжувалась зупинкою клітинного циклу в фазі G2/M та призводила до апоптозу і активації каспази-3. Навпаки, в разі диференціювання, індукованого ДМСО, спостерігали повну зупинку клітинного циклу у фазі G1/G0 без активації каспази-3. Незважаючи на появу бензидин-позитивних клітин та зниження вмісту CD71 після інкубації з кверцетином, аналіз спектрів 1H ЯМР виявив баланс змін у бік апоптозу, а саме збільшення вмісту ЯМР-візуалізованих мобільних ліпідних доменів та зниження інтенсивності сигналу холін-вмісних метаболітів.; Определяли апоптотический индекс, прохождение клеточного цикла и активацию каспазы-3 в клетках K-562 при индукции дифференцировки кверцетином или диметилсульфоксидом (ДМСО). Обработка клеток кверцетином сопровождалась остановкой клеточного цикла в фазе G2 /M и активацией каспазы-3. В противоположность этому при дифференцировке, индуцированной ДМСО, отмечали полную остановку клеточного цикла в фазе G1 /G0 без активации каспазы-3. Несмотря на появление бензидин-положительных клеток и снижение содержания CD71 после инкубации с кверцетином, анализ спектров 1H ЯМР выявил баланс изменений в сторону апоптоза, а именно, увеличение содержания ЯМР-визуализируемых мобильных липидных доменов и снижение интенсивности сигнала холин-содержащих метаболитов.
2010-01-01T00:00:00ZКомп’ютерне моделювання комплексоутворення цитохрому Р-450 2Е1 людини
http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/19046
Комп’ютерне моделювання комплексоутворення цитохрому Р-450 2Е1 людини
Кітам, В.О.; Чащин, М.О.
Проведено порівняння просторових структур CYP2E1 людини, одержаних експериментальним шляхом, і структур, розрахованих з використанням комп’ютерних методів. Структури охарактеризовано за такими параметрами: загальна енергія, об’єм протеїнової кишені та загальний об’єм молекули, аналіз якості просторової геометрії. Одержані результати довели, що розрахована та оптимізована модель може бути застосована для дослідження механізмів взаємодії активного центру ензиму із субстратами та інгібіторами. Показано, що одним із механізмів інактивації ензиму може бути зменшення об’єму протеїнової кишені. При цьому зменшуються об’єми активного центру та каналу, що значно ускладнює доступ субстратів до порожнини активного центру.; Проведено сравнение пространственных структур CYP2E1 человека, полученных экспериментальным путем, и структур, рассчитанных с использованием компьютерных методов. Структуры охарактеризованы по таким параметрам, как общая энергия, объем протеинового кармана и общий объем молекулы, анализ качества пространственной геометрии Полученные результаты показали, что рассчитанная и оптимизированная модель может быть применена для исследования механизмов взаимодействия активного центра энзима с субстратами и ингибиторами. Показано, что одним из механизмов инактивации энзима может быть уменьшение объема протеинового кармана. При этом уменьшаются объемы активного центра и канала, что существенно усложняет доступ субстрата к полости активного центра.; A comparison has been made between spatial structures of human CYP2E1 obtained experimentally and those calculated using the computer methods. The structures were characterized by such parameters as total energy, protein pocket volume and total volume of molecules as well as the analysis of spatial geometry. The obtained results have proved that the model calculated and optimized by us can be used for studing the mechanisms of interaction of the active center of the enzyme with substrates and inhibitors. An assumption was made in the course of the research that one of the possible mechanisms of inactivation of the enzyme is the reduction of protein pocket volume, which prevents substrate access to the active center.
2010-01-01T00:00:00ZКомп’ютерне моделювання взаємодії калікс[4]арену С-99 із субфрагментом-1 міозину міометрія
http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/19045
Комп’ютерне моделювання взаємодії калікс[4]арену С-99 із субфрагментом-1 міозину міометрія
Бевза, О.В.; Бевза, А.А.; Лабинцева, Р.Д.; Черенок, С.О.; Кальченко, В.І.; Костерін, С.О.
Проведене комп’ютерне моделювання взаємодії калікс[4]арену С-99 із субстратзв’язувальним центром функціонально активної ділянки субфрагмента-1 міозину міометрія. Показано, що у разі використання методології молекулярного докінгу можливе моделювання ліганд-рецепторних комплексів з геометрією, узгодженою з експериментальними даними. Вивчено взаємний вплив АТ Р та калікс[4]арену С-99 на їхню орієнтацію у лігандзв’язувальному центрі субфрагмента-1 міозину міометрія.; В данной работе осуществлено компьютерное моделирование взаимодействия каликс[4]арена С-99 с субстратсвязывающим центром функционально активного участка субфрагмента-1 миозина миометрия. Показано, что при использовании методологии молекулярного докинга возможно моделирование лигандрецепторных комплексов, которые имеют геометрию, согласованную с экспериментальными данными. Изучено взаимное влияние АТР и каликс[4]арена С-99 на их ориентацию в лигандсвязывающем центре субфрагмента-1 миозина миометрия.; In this work the computer design of interaction of calix[4]aren C-99 with a substrate-binding center of a functionally active area of a subfragment-1 myosin of the myometrium is carried out. It is shown when using methodology of molecular docking the receipt of ligand-receptor complexes which have geometry concerted with experimental data is possible. The cross-coupling of АТР and calix[4]aren C-99 on their orientation in ligandbinding center of subfragment-1 myosin of myometrium has been studied.
2010-01-01T00:00:00Z