Вiopolymers and Cell, 2009, vol. 25http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/56272024-03-28T10:08:49Z2024-03-28T10:08:49ZMass spectrometric study of rhamnolipid biosurfactants and their interactions with cell membrane phospholipidsPashynska, V.A.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/1538492019-06-14T22:30:14Z2009-01-01T00:00:00ZMass spectrometric study of rhamnolipid biosurfactants and their interactions with cell membrane phospholipids
Pashynska, V.A.
Aim. To examine the formation of supramolecular complexes of biogenous rhamnolipids with membrane phospholipids that is considered as a molecular mechanism of the biosurfactants antimicrobial action. Methods. In the present work rhamnolipid biosurfactant samples produced by Pseudomonas sp. PS-17 strain have been investigated by electrospray ionization mass spectrometry for the first time. Results. As a result of the study, characteristic mass spectra of the rhamnolipid samples were obtained, that can be used as reference spectra for mass spectrometric identification of the compounds in any biological or industrial samples. At the next stage of the experiments the pair systems, containing the biosurfactants and a membrane phospholipid dipalmitoylphosphatidylcholine, have been tested. The cationized noncovalent complexes of the rhamnolipids with the phospholipid were observed in the spectra. Conclusions. The results obtained testify to the consideration that rhamnolipids (similar to other membranotropic agents) can form stable supramolecular complexes with membrane phospholipids that are able to evoke the biosurfactants antimicrobial action. A great potential of electrospray ionization mass spectrometry for the biosurfactants identification and study has been demonstrated in the work.; Мета. Перевірити можливість формування супрамолекулярних комплексів біогенних рамноліпідів та мембранних фосфоліпідів, що розглядається як молекулярний механізм антимікробної дії цих біосурфактантів. Методи. У представленій роботі зразки рамноліпідних біосурфактантів, продуковані штамом Pseudomonas sp. PS-17, вперше досліджено за допомогою методу мас-спектрометрії з іонізацією електроспреєм. Результати. Отримано характеристичні мас-спектри рамноліпідів, які можна використовувати як референтні спектри для мас-спектрометричної ідентифікації цих сполук у різних біологічних та технологічних зразках. На наступному етапі експериментів вивчали парні системи зазначених біосурфактантів з мембранним фосфоліпідом дипальмітоїлфосфатидилхоліном. У спектрах зареєстровано катіонізовані нековалентні комплекси рамноліпідів з фосфоліпідом. Висновки. Одержані результати підтверджують можливість формування стабільних супрамолекулярних комплексів мембранних фосфоліпідів з рамноліпідами (так само, як і з іншими мембранотропними агентами), що пов’язують з антимікробною дією цих біосурфактантів. Показано перспективність використання методу мас-спектрометрії з іонізацією електроспреєм для ідентифікації та вивчення біосурфактантів.; Цель. Проверить возможность формирования супрамолекулярных комплексов биогенных рамнолипидов и мембранных фосфолипидов, что рассматривается как молекулярный механизм антимикробной активности этих биосурфактантов. Методы. В настоящей работе образцы рамнолипидных биосурфактантов, продуцируемые штаммом Pseudomonas sp. PS-17, впервые изучены методом масс-спектрометрии с ионизацией электроспреем. Результаты. Получены характеристические масс-спектры рамнолипидов, которые можно использовать как референтные спектры для масс-спектрометрической идентификации этих соединений в различных биологических или технологических образцах. На следующем этапе экспериментов анализировали парные системы рамнолипидов и мембранного фосфолипида дипальмитоилфосфатидилхолина. В спектрах зарегистрированы катионизированные нековалентные комплексы рамнолипидов с фосфолипидом. Выводы. Полученные результаты подтверждают возможность образования стабильных супрамолекулярных комплексов мембранных фосфолипидов и рамнолипидов (подобно другим мембранотропным агентам), что связывают с антимикробным действием этих биосурфактантов. Показана перспективность использования метода масс-спектрометрии с ионизацией электроспреем для идентификации и изучения биосурфактантов.
2009-01-01T00:00:00ZNewly synthesized carbocyanine fluorescent probes, their characteristics and behavior in proliferating culturesGoncharuk, E.I.Borovoy, I.A.Pavlovich, E.V.Malyukin, Yu.V.Grischenko, V.I.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/1538462019-06-14T22:30:21Z2009-01-01T00:00:00ZNewly synthesized carbocyanine fluorescent probes, their characteristics and behavior in proliferating cultures
Goncharuk, E.I.; Borovoy, I.A.; Pavlovich, E.V.; Malyukin, Yu.V.; Grischenko, V.I.
Aim. To study possibile application of C2, C9, C18 and JC-1 carbocyanine fluorescent dyes for cell culture characterization. Methods. Morphological methods, fluorescence-activated cell sorting (FACS) analysis, luminescent microscopy were used. Results. The studied carbocyanine probes were shown to be preserved in dividing cells for at least 4 duplications. It was found that carbocyanine probe JC-1 did not transit from cell to cell under combined culturing of labeled and non-labeled cells. Conclusions. The paper covers the use of carbocyanine fluorescent probes for long-term culturing of cell lines. Probes C9 and JC-1 were optimal for the proliferative culture observation, allowing to trace mitochondrial functional state.; Цель. Исследовать возможности применения карбоцианиновых флуоресцентных зондов С2, С9, С18 и JC-1 для характеристики культур клеток. Методы. Использованы морфологи- ческие методы, метод проточной цитофлуориметрии (FACS- анализ), люминесцентная микроскопия. Результаты. Показано, что исследуемые карбоцианиновые зонды сохраняются в делящихся клетках в течение не менее четырех удвоений. Установлено, что карбоцианиновый зонд JC-1 не переходит из клетки в клетку при совместном культивировании меченых и немеченых клеток разных культур. Выводы. Определено, что указанные флуоресцентные зонды можно использовать при долговременном культивировании клеточных линий. Для наблюдения за пролиферирующими культурами оптимальным является применение зондов С9 и JC-1, что позволяет отслеживать функциональное состояние митохондрий.; Mета. Дослідити можливості застосування карбоціанінових флуоресцентних зондів С2, С9, С18 та JC-1 для характеристики культур клітин. Методи. Використано морфологічні методи, метод проточної цитофлуориметрії (FACS-аналіз), люмінесцентну мікроскопію. Результати. Показано, що досліджені карбоціанінові зонди зберігаються в клітинах, що діляться, протягом не менш чотирьох подвоєнь. Встановлено, що карбоціаніновий зонд JC-1 не переходить із клітини в клітину при одночасному культивуванні мічених і немічених клітин різних культур. Висновки. Встановлено, що зазначені флуоресцентні зонди можна використовувати при довготривалому культивуванні клітинних ліній. Для спостереження за проліферуючими культурами оптимальним є застосування зондів С9 і JC-1, що дозволяє відслідковувати функціональний стан мітохондрій.
2009-01-01T00:00:00ZInteraction of different tRNAs with translation elongation factors 1A from lower and higher eukaryotesFuternyk, P.V.Negrutskii, B.S.El'skaya, A.V.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/1538432019-06-14T22:26:15Z2009-01-01T00:00:00ZInteraction of different tRNAs with translation elongation factors 1A from lower and higher eukaryotes
Futernyk, P.V.; Negrutskii, B.S.; El'skaya, A.V.
The work is aimed at confirmation of earlier assumed mechanism of tRNA channeling. Methods. The methods of band shift assay and Forsters resonance energy transfer were used. Results. The affinities of mammalian tRNAs for two tissue specific isoforms of elongator factor eEF1A1 and eEF1A2 were compared. For the first time we have shown the ability of yeast eEF1A*GDP to form non-canonical ternary complex with deacylated tRNAs. The complexation of eukaryotic eEF1A with initiator tRNA, of both bacterial and mammalian origin, was also demonstrated. Conclusions. The formation of the non-canonical complexes of eEF1A*GDP with deacylated tRNAs is common for higher and lower eukaryotes, which is in favor of universality of eukaryotic tRNA-channeling.; Мета. Підтвердити запропонований раніше механізм каналювання тРНК. Методи. Зсув смуги в поліакриламідному гелі та Форстерівське резонансне перенесення енергії (FRET). Результати. Оцінено спорідненість тРНК ссавців з двома тканино-специфічними ізоформами фактораe еEF1A1 та eEF1A2. Вперше показано формування неканонічних потрійних комплексів дріжджового eEF1A*GDP з деацильованими тРНК. Продемонстровано також комплексоутворення еукаріотного eEF1A з ініціаторною тРНК ссавців і бактерій. Висновки. Формування неканонічних комплексів eEF1A*GDP з деацильованими тРНК є загальним для вищих і нижчих еукаріотів, що підтверджує універсальність еукаріотного каналювання тРНК; Цель. Подтвердить предложенный ранее механизм каналирования тРНК. Методы. Сдвиг полосы в полиакриламидном геле и Форстеровский резонансный перенос энергии (FRET). Результаты. Оценено сродство тРНК млекопитающих с двумя тканеспецифическими изоформами фактора eEF1A1 и eEF1A2. Впервые показано формирование неканонических тройных комплексов дрожжевого eEF1A*GDP с деацилированными тРНК. Также продемонстрировано комплексообразование эукариотного eEF1A с инициаторной тРНК млекопитающих и бактерий. Выводы. Формирование неканонических комплексов eEF1A*GDP с деацилированными тРНК является общим для высших и низших эукариотов, что подтверждает универсальность эукариотного каналирования тРНК.
2009-01-01T00:00:00ZКлонирование, экспрессия и очистка тРНКPro из бактерии Enterococcus faecalisБояршин, К.С.Крикливый, И.А.Яремчук, А.Д.Тукало, М.А.http://dspace.nbuv.gov.ua:80/handle/123456789/1538422019-06-14T22:26:48Z2009-01-01T00:00:00ZКлонирование, экспрессия и очистка тРНКPro из бактерии Enterococcus faecalis
Бояршин, К.С.; Крикливый, И.А.; Яремчук, А.Д.; Тукало, М.А.
Цель. Разработать методику экспрессии и очистки транскрипта тРНКPro бактерии E. faecalis. Методы. Коэкспрессированную in vitro с цис-гидролитическим рибозимом тРНК очищали при помощи высокоэффективной жидкостной хроматографии с использованием анионообменной хроматографической колонки. Результаты. Получены удовлетворительные выход продукта и чистота препаратов. Транскрипт тРНКPro проявляет акцепторную активность в реакции аминоацилирования. Выводы. Разработанный метод может быть внедрен в лабораторную практику и стать основой для создания новых способов получения транскриптов других тРНК.; Aim. To elaborate the method of expression and purification of bacteria Enterococcus faecalis tRNAPro transcript. Methods. tRNA, co-expressed in vitro with cis-hydrolytical ribozyme, was purified by high performance liquid chromatography using anion-exchange chromatographic column. Results. A satisfactory yield of high purity preparation was obtained. A transcript of tRNAPro exhibits acceptor activity in aminoacylation reaction. Conclusions. The method developed may be introduced in laboratory practice including the obtaining of other tRNAs.; Мета. Розробити методику експресії і очищення транскрипта тРНКPro бактерії E. faecalis. Методи. Коекспресовану in vitro з цис-гідролітичним рибозимом тРНК очищували за допомогою високоефективної рідинної хроматографії з використанням аніонообмінної колонки. Результати. Отримано задовільні вихід продукту та чистоту препаратів. Транскрипт тРНКPro виявляє акцепторну активність у реакції аміноацилювання. Висновки. Розроблений метод може бути впроваджений у лабораторну практику та стати основою для створення нових способів отримання транскриптів інших тРНК.
2009-01-01T00:00:00Z